La ermita debió fundarse a mediados del siglo XVI como resultado del crecimiento poblacional registrado gracias a la presencia de la explotación y transformación de la caña de azúcar.
La tutela de la familia Lezcano Mújica –propietaria del trapiche o ingenio azucarero de Tenoya- fue considerable, tanto para favorecer su mantenimiento como para la dotación de los oficios religiosos. En todo caso, la población del lugar –muchos jornaleros y arrendatarios de terrenos destinados al cultivo de la vid y el cereal- fueron los principales artífices de su permanencia y sostenimiento.
Las referencias documentales más antiguas se refieren a este templo como la ermita de San Pedro de Tenoya. A finales del siglo XVII un terrateniente dona a la ermita una imagen de Nuestra Señora de la Encarnación, momento a partir del cual esta advocación fue ganando popularidad entre los fieles hasta llegar a ser adoptada como la que daba nombre al templo y a la parroquia.
El edificio de la ermita –rectangular, techo a dos aguas y portada coronada con espadaña y dos pináculos- muestra los rasgos habituales de tales construcciones en la isla, con una división simple entre el cuerpo principal y el presbiterio.
Entre sus piezas más relevantes destacan el retablo mayor y el púlpito, decorado con las figuras de los cuatro evangelistas y los tetramorfos. La imagen de Nuestra Señora de la Encarnación se custodia en la nueva sede parroquial, cercana a la ermita y cuya finalización se llevó a cabo en el año 2.000.