Las intervenciones arqueológicas llevadas a cabo en las inmediaciones de La Plaza de San Antón de Agüimes en los años 1998 y 1999 pusieron de manifiesto importantes depósitos estratigráficos, con abundante material, que han permitido comprobar que en el subsuelo de la Villa aún se conservan parte de los vestigios del Agüimes prehispánico.
Tanto los repertorios materiales, como los niveles arqueológicos atestiguan una intensa actividad antrópica, asociada principalmente a los trabajos cotidianos de manipulación y transformación de alimentos, como abundantes restos de fauna marina y terrestre, cerámica pintada de excelente calidad, elementos de molturación (molinos y morteros), así como semillas de cebada, que constituyen las pruebas más evidentes de la importancia de este enclave como lugar de habitación.
La documentación conservada en el Archivo Histórico provincial de Las Palmas contribuye a reforzar esta hipótesis. Diversos legajos entre los siglos XVI y XVII hacen referencia inequívoca a la existencia en las inmediaciones de este lugar, especialmente entre la Plaza de San Antón y la Iglesia de San Sebastián, de casas de canarios o casas hondas a las que se continuaba dando uso en esas fechas.
En el espacio antaño ocupado por la Ermita de San Antón se ubica el Centro de Interpretación del Conjunto Histórico de Agüimes, donde se ofrece un recorrido musealizado por la historia de este lugar desde sus orígenes prehispánicos hasta la actualidad.