Este enclave ha servido durante siglos como lugar de ajusticiamiento, tanto para los aborígenes como en épocas recientes, alcanzando hasta la Guerra Civil y la posterior represión del régimen franquista, como han constatado los hallazgos de restos humanos encontrados por los espeleólogos.

En este punto se enlaza el pasado más remoto de la isla con su legado histórico más reciente, constituyéndose en un referente a través de los siglos. Las primeras referencias a este enclave se encuentran recogidas en Las Crónicas de la Conquista y en relatos posteriores, asociados a un episodio sucedido en este lugar en el siglo XIV y en relación con el proceso de redescubrimiento del Archipiélago y de la conquista y colonización de estos territorios. Según han recogido diversos autores, será en torno a 1393 cuando los aborígenes arrojan a la Sima a un grupo de 13 frailes franciscanos mallorquines que convivían con ellos en la Isla. Al parecer, los canarios tomaron esta decisión a raíz de las continuas agresiones que sufría la isla por parte de navegantes europeos.

Pero el pasado prehispánico y los acontecimientos descritos no constituyen el único elemento que confiere valor histórico y patrimonial a este lugar. Efectivamente, la Sima de Jinámar ha protagonizado también una de las páginas más negras de la Historia reciente de Canarias, hasta el punto de ser aún un lugar de nefasta memoria para muchos canarios. El lugar fue utilizado para el asesinato sin juicio durante la represión que sigue a la sublevación militar del 18 de julio de 1936, contra dirigentes sindicales y afiliados de las organizaciones populares republicanas. A pesar de los desmentidos, los espeleólogos han podido documentar en el interior de este siniestro lugar, tanto huesos humanos y cráneos con evidentes impactos de bala, como restos de los proyectiles empleados contra sus víctimas.