La Iglesia de San Francisco de Asís formó parte en sus orígenes del Convento fundado por la Orden franciscana de los Hermanos Menores. Se fundó a finales del siglo XV, una vez finalizada la Conquista por las tropas castellanas en los terrenos cedidos por Juan Rejón, en las cercanías del Guiniguada. Este conjunto ocupaba un enorme espacio que se extendía desde la Plaza de San Francisco al callejón de Orihuela, hoy calle Maninidra, y desde la calle del General Bravo a Primero de Mayo. Sobre la construcción de la Iglesia y el conjunto conventual existe muy poca información, ya que el incendio de la ciudad en 1599 a manos de las tropas holandesas de Pieter van der Roes y la desamortización de los bienes de la Iglesia en el siglo XIX supuso la desaparición o la destrucción de los protocolos del Archivo conventual. Su reconstrucción fue promovida por el canónigo Bartolomé Cairasco y su familia a principios del siglo XVII. Posteriormente la comunidad de genoveses asentada en la ciudad siglos antes hizo aportaciones económicas para garantizar esta reconstrucción. En la última década del siglo XVII se produjo la ampliación de la Iglesia con la incorporación de las capillas del Humilladero y la Inmaculada, sufragadas por el Inquisidor y Déan Diego Vázquez Botello. Del año 1.689 es su hermosa portada en piedra.

En el interior de esta Iglesia se conserva un rico y variado patrimonio artístico. Cuenta con un impresionante muestrario de obras de arte en forma de retablos, pintura mural, obra escultórica, obra pictórica, orfebrería y pasos procesionales. La construcción del retablo diseñado por Luján Pérez duró dieciocho meses. Está realizado en madera de cedro y policromado al óleo. La decoración pictórica en la que se imitan jaspeados y marmolados es obra del policromador y estofador José de Osavarry.

José Luján Pérez no sólo destacó por su actividad escultórica, sino que también diseñó retablos, tabernáculos y en 1804 es el encargado de continuar las obras de la Catedral de Santa Ana, aunque ya llevaba la dirección de las obras desde la muerte del arquitecto Diego Nicolás Eduardo en 1798.

Este retablo presenta una estructura sencilla definida por una predela sobre la que se adelanta el altar. Un cuerpo central en el que se abren tres hornacinas separadas por columnas de fuste liso y capitel de estilo corintio. La hornacina central, de mayor altura y tamaño que las laterales, alberga la imagen de La Virgen de la Soledad de la Portería. Esta pieza escultórica del siglo XVII es una imagen de vestir o de candelero, de manera que sólo aparecen tallados el rostro y las manos. Es una de las advocaciones más antiguas de la ciudad que ha llegado hasta nuestros días. Por último, una parte superior donde, a pesar de la adhesión de Luján Pérez a los órdenes clásicos propios del nuevo lenguaje artístico del Neoclásico, dominan las formas curvas en los roleos y el frontón partido. En esta zona aparece una obra pictórica con el tema de Judit, obra de José de Osavarry, colaborador habitual en el taller de Luján que realizó la decoración pictórica del Retablo, donde se imitan marmolados y jaspeados con el objeto de aportar mayor sensación de riqueza al Retablo.

Para colocar este Retablo en su nuevo emplazamiento hubo que reformar el artesonado y mutilar el retablo, del que desapareció el remate superior que era una cartela dorada con un ciprés pintado en el centro. Este no fue el único retablo diseñado por Luján Pérez, de hecho, similares soluciones utilizaron en la parte superior del Retablo Mayor de la Iglesia de Santa María de Guía y en los hoy desaparecidos retablos de Agaete, Agüimes y Santa Brígida. En general, eran retablos de formas sencillas en los que se mezcla la tradición barroca y los nuevos elementos formales que trae consigo el nuevo lenguaje artístico del Neoclásico.