Las vidrieras son soportes narrativos realizados con vidrios policromados que cuentan historias, en este caso en concreto de temática religiosa. La luz al atravesar los vitrales se convierte en protagonista y aporta una atmosfera especial al interior de la Iglesia. Este conjunto de vitrales se caracteriza por su gran calidad y homogeneidad técnica pese a que en su realización colaboraron manos diferentes, dato que se comprueba al analizar las diferentes firmas presentes en los mismos. Todos los personajes y escenas representadas se caracterizan por su serenidad y hasta los temas más cruentos como el de los martirios se tratan con amabilidad y delicadeza. Destaca la riqueza de los colores empleados y la calidad del dibujo en los temas elegidos.

Estas vidrieras se distribuyen tanto en la planta principal como en el segundo cuerpo del edificio concretamente en el triforio. Las vidrieras distribuidas en las capillas de la planta principal no tienen un planteamiento iconográfico que siga un hilo argumental común, sino que recogen advocaciones y devociones privadas. Estas obras fueron financiadas por diferentes grupos sociales o donantes particulares lo que explica que coincida el nombre del donante con el Santo representado. Son por tanto un reflejo, no sólo de las creencias religiosas de quienes las financiaron, sino que también son una muestra social del bienestar económico de la zona y de sus feligreses.

Entre los temas desarrollados en los vitrales de la planta principal está, en la Capilla del Calvario en el Ábside, la vidriera dedicada al titular del templo, “El Degollamiento de San Juan Bautista”, donada por Francisco Gourié Marrero quien, con el párroco Francisco Cárdenes Herrera, promovió la idea de construir esta iglesia.

En la Capilla del Santísimo se sitúa la vidriera del “Sagrado Corazón de Jesús”, donada por los hermanos Hernández Pérez. Esta advocación religiosa tiene su origen en la Orden de los Jesuitas, pero es a partir del siglo XIX cuando es promovida con entusiasmo por el Papa Pío IX que fue conocido como el Papa del Sagrado Corazón.

En la Capilla de San Juan Bautista se representa a la Virgen Milagrosa, vidriera que donó el Colegio Sagrado Corazón de las Hermanas de la Caridad de Arucas.

En la Capilla de San Francisco aparece la vidriera que representa a San Francisco de Asís y que donó el párroco Francisco Cárdenes Herrera, que sufrió una rotura accidental en la parte baja.

En la Capilla de la Virgen del Carmen destaca la presencia de dos vitrales en los que se representa al Corazón de María y al santo impulsor de esta advocación, el Obispo San Antonio María Claret, financiadas por la Hermandad del Carmen en 1920, así como a Nuestra Señora del Carmen y a San Fernando Rey. En dicha capilla y en la de la Virgen del Rosario se observan unas vidrieras con una gran cantidad de detalles decorativos marcados por la presencia de tracerías geométricas y florales.

Las vidrieras de la Capilla del Rosario desarrollan las advocaciones religiosas de San Ramón Nonato con la Virgen del Rosario y San Bruno con Santa Saturnina. Donadas por Ramón Madan Uriondo en 1917.

En la capilla del Baptisterio, que es donde podemos encontrar alguna de las piezas artísticas más interesantes y de mayor calidad técnica dentro del Patrimonio Artístico y Religioso de esta Iglesia, destaca la presencia de vidrieras cuya temática gira alrededor del mismo tema bautismal. Así podemos ver el Bautismo de Cristo por el Bautista en el río Jordán, a San Francisco Javier bautizando a personas de diferentes razas o a San Silvestre bautizando al emperador Constantino. Son vidrieras donadas en 1920.

El esquema iconográfico de las vidrieras situadas en triforio de la planta superior se basa en una especie de diálogo o de correlación entre los temas recogidos en las vidrieras de la parte izquierda del altar y la parte derecha. En la parte izquierda dominan las figuras masculinas y en la derecha las femeninas. Son vidrieras que a diferencia de las situadas en la planta principal recrean y narran escenas muy concretas del tema religioso escogido. Destaca la enorme calidad técnica de estas escenas que funcionan como obras pictóricas en las que sus autores se recrean en todo lujo de detalles.

Así se desarrollan escenas tales como Resurrección de Cristo-Asunción de María, Martirio de San Sebastián, Martirio de Santa Lucía, Ascensión del Señor, Asunción de Nuestra Señora, Tránsito de San José, La Virgen entregando el rosario a Santo Domingo y Santa Rosa de Lima, El Arcángel Rafael y Tobías. Resultan espectaculares los rosetones abiertos en las puertas norte y sur de la Iglesia, dedicados a la Advocación de Jesús el de la Puerta Norte y a la de María la Puerta Sur.

Encima del Presbiterio aparecen unos rosetones polilobulados, donde se combinan los temas florales con los símbolos del Tetramorfos, es decir, del animal fantástico del Apocalipsis que la tradición ha hecho coincidir con los cuatro evangelistas.

Consultar Artículo: Lozano Suárez, Javier (2006) "Conservación de las vidrieras de la Iglesia de San Juan de Arucas". Boletín de Patrimonio Histórico nº 3-4, pag 10.