El órgano que se conserva en la Iglesia de San Sebastián de Agüimes fue adquirido por esta Parroquia en 1870 ya que pertenecía al antiguo convento de las Bernardas en Las Palmas de Gran Canaria.
Se trata de un instrumento realizado en madera de pino que cuenta con tubos de extraordinaria calidad técnica, con bocas altas, pies abiertos, entallas de afinación y dientes originales. El material sonoro es de gran calidad y característico de la escuela a la que pertenece. Se compone de cuatro juegos: violón, tapadillo, quincena y lleno. El secreto, núcleo central que organiza la distribución del viento a cada tubo del órgano, es de madera de cedro y de buena construcción.
Su autor, Antonio Otín Calvete, fue un prolífico artesano que inició una dinastía que trabajó en Andalucía, donde todavía se conserva un gran número de sus instrumentos, algunos muy llamativos por sus grandes dimensiones. Este artesano se formó con el maestro organero Bosch, que trabajó en Mallorca, de donde era originario. En Madrid terminó en 1771 el órgano de la Capilla del Palacio Real y después trabajó en la Catedral de Sevilla, donde formó un equipo de oficiales entre los que se incluye el autor de este órgano.
Este tipo de instrumento está pensado para ejecutar un repertorio musical muy concreto. Nos permite recrear una música con un timbre muy personal y a la vez nos remite a un tiempo pasado, de ahí la importancia de su conservación. En Gran Canaria se conservan un total de 21 órganos históricos de diversa procedencia: alemanes, italianos, ingleses y de escuela española. Todos constituyen un patrimonio instrumental de gran riqueza.