Sin embargo, la advocación principal no siempre fue la Virgen de la Encarnación, pues originariamente la familia Lezcano levantó el primer oratorio bajo el patronazgo de San Pedro Apóstol, titular que será asumido posteriormente por Nuestra Señora. A finales del siglo XVII un terrateniente dona a la ermita una imagen de Nuestra Señora de la Encarnación, momento a partir del cual esta advocación fue ganando popularidad entre los fieles hasta llegar a ser adoptada como la que daba nombre al templo y a la parroquia.              

La tutela de la familia Lezcano Mújica –propietaria del trapiche o ingenio azucarero de Tenoya- fue considerable, tanto para favorecer su mantenimiento como para la dotación de los oficios religiosos. En todo caso, la población del lugar –muchos jornaleros y arrendatarios de terrenos destinados al cultivo de la vid y el cereal- fueron los principales artífices de su permanencia y sostenimiento.

El espacio constructivo de la ermita es un testimonio de sucesivas ampliaciones y reformas que darán como resultado el espacio que hoy se observa. El edificio de la ermita muestra los rasgos habituales de tales construcciones en la isla, con una división simple entre el cuerpo principal y el presbiterio. Presenta planta rectangular dividida en dos espacios para el lugar de culto y la Sacristía, con cubierta tejada a dos y tres aguas respectivamente. La fachada presenta un corte neoclásico fruto de la última ampliación realizada en el siglo XIX, con un único vano como acceso principal al interior enmarcado en cantería de Arucas y rematado con una espadaña de huecos alargados ocupados por campanas.

En el aspecto ornamental, la fachada presume de ambientes decorativos para los remates de las pilastras con elementos a modo de florones y el anagrama de María en el centro de la composición, símbolo inherente al patronazgo del pueblo Tenoya bajo la advocación de Nuestra Señora de la Encarnación.

En el flanco derecho de la ermita se abren otros huecos como accesos al interior y posee una cruz lignaria colocada por los hijos de Tenoya en la primera mitad del siglo XX. Junto a este elemento religioso, el conjunto arquitectónico posee una pequeña y antigua lauda pétrea que reza el siguiente texto:
ESTA CANPANA ES DE / NVESTRA SEÑORA DE / LA ENCARNACIÓN LA ISO / D. N. JUAN (ILEGIBLE) / CIENDO MAYORDOMO / CON LA LIMOSNA DE LOS / V DE 1751 As.

Entre sus piezas más relevantes destacan el retablo mayor y el púlpito, decorado con las figuras de los cuatro evangelistas y los tetramorfos. La imagen de Nuestra Señora de la Encarnación se custodia en la nueva sede parroquial, cercana a la ermita y cuya finalización se llevó a cabo en el año 2.000.

Entre los principales hitos contemporáneos de la ermita, destaca su elevación al título de parroquia en el año 1937 y la realización de la última restauración exterior e interior desarrollada en el templo entre los años 2008 y 2009.