Esta villa sureña ocupó un puesto particular en la historia de la isla por la particularidad de su régimen administrativo, ya que fue concedida al Obispado de Canarias como señorío jurisdiccional propio, hasta que en el siglo XIX se creó su jurisdicción municipal independiente. Un régimen especial que marcó su crecimiento, ligado al azúcar en el siglo XVI. El señorío concedido a la Iglesia fue un reconocimiento de la Corona a los méritos del obispo Juan de Frías, también se opina que se otorgó a su sucesor Fray Miguel López de la Serna, por la pobreza del obispado. El territorio incluía al actual municipio agüimense y de Ingenio.

Como en el resto de la isla, el producto más importante del siglo XVI fue el azúcar, y de entre sus ingenios destaca el de Aguatona, propiedad de Alonso de Matos. Esta actividad decayó a partir de mediados de esa centuria y comienzan a extenderse diversos cultivos (viñas, millo, papas, etc.). La localidad fue puesta bajo el patronazgo de San Sebastián y en su honor se levantó una ermita, declarada parroquia en el siglo XVI. En este entorno se fue consolidando el núcleo, aunque hubo dudas en un primer momento sobre ubicar allí el curato o en el cercano ingenio que era el foco económico más importante de ese momento. Definitivamente, la parroquia permaneció en su emplazamiento original y allí se estableció la cabecera, que poco a poco se fue desarrollando. Una de las vecinas ilustres que tuvo temporalmente la villa fue Catalina Hernández Guanarteme, una de las hijas del último guanarteme de Gáldar, fallecida en Agüimes y donde dictó testamento en 1526.

El núcleo de Agüimes se vio reforzado en el siglo XVII con la fundación, en 1649, del convento de los dominicos en la que era la ermita de Nuestra Señora de las Nieves, creando los predicadores su tercera casa en la isla (después de la de Las Palmas y la de Firgas en 1613). Paralelamente crecieron otros núcleos dependientes donde, para poseer una pequeña autonomía religiosa, se levantaron las ermitas de Nuestra Señora de la Candelaria, en Ingenio, y Nuestra Señora del Buen Suceso, ésta última en el pago del Carrizal. En la siguiente centuria, en 1718, tuvo lugar el "motín de Agüimes", logrando los trabajadores de la tierra su dominio útil y alcanzando su propiedad en 1725. A finales del siglo XVIII, en 1796, comenzaron las obras del nuevo templo de San Sebastián, edificado junto a la vieja iglesia, que finalmente fue demolida para ensanchar la plaza principal.

El siglo XIX trajo muchos cambios, destacando la creación de su municipio propio como hicieron la mayoría de curatos de la isla, pero también la segregación de la parte de Ingenio, que en 1815 obtiene parroquia en favor de la iglesia de Nuestra Señora de la Candelaria y en 1843 se convierte en jurisdicción municipal independiente. Al mismo tiempo desaparece el señorío de forma definitiva en 1837, cuyos bienes desamortizados, así como los menores que pertenecían al también extinguido convento dominico, pasaron a acrecentar las fortunas de los propietarios locales.

De su patrimonio arquitectónico sobresalen dos conjuntos históricos. El primero lo constituye el Conjunto Histórico de la Villa, que se caracteriza por un trazado de estrechas calles y manzanas irregulares, llamando la atención edificios como el antiguo ayuntamiento o la iglesia de San Sebastián, entre otros. El segundo es el pintoresco Barrio de Temisas, cuyas calles muestran un bello paisaje de arquitectura popular con tejados a una y dos aguas.

Muy tradicionales son en este municipio los carnavales, a los que se suman otras manifestaciones contemporáneas como la representación del auto de Reyes "Hacia Belén", compuesto por el escritor Orlando Hernández, y la más reciente "Traída del agua y el gofio" desde Los Molinos, que ha alcanzado mucha popularidad en la isla. Agüimes es, además, el escenario de las fiestas patronales en honor de Nuestra Señora del Rosario, aunque también se celebren las del titular San Sebastián en enero.